先に結論
空き家を長期間放置し、自治体から「特定空家等」または「管理不全空家等」に指定されると、住宅用地の固定資産税特例が外れ、土地の固定資産税が実質最大6倍になり得ます（令和5年改正・空家等対策の推進に関する特別措置法）。指定の前段階には「助言・指導」があるため、その時点で対応すれば税負担の増加は回避できます。
特定空家等・管理不全空家等とは
空家等対策の推進に関する特別措置法では、倒壊等著しく保安上危険となるおそれがある、著しく衛生上有害となるおそれがある、適切な管理が行われていないことで著しく景観を損なっている等の状態にある空き家を「特定空家等」として市区町村が指定できます。2023年の法改正では、放置すればそのおそれがある段階の空き家を「管理不全空家等」として、より早い段階から指導の対象にできるようになりました。
固定資産税が上がる仕組み
住宅が建っている土地には、固定資産税の課税標準を軽減する「住宅用地特例」があります。特定空家等・管理不全空家等として市区町村から勧告を受けると、この特例の対象から除外され、更地と同じ課税水準（固定資産税評価額に対する軽減がない状態）に近づくため、結果として税額が実質的に最大6倍程度になり得ます。
指定までの流れ
- 実態調査・助言/指導（この段階では特例は外れません）
- 勧告（ここで住宅用地特例が外れ、税負担が増加）
- 命令・行政代執行（改善されない場合、最終的に自治体が強制的に除却等を行い、費用は所有者に請求されます）
助言・指導の段階で適切に対応（管理会社への委託、解体、売却の検討など）すれば、勧告以降のリスクは避けられます。「売れにくい」と判断された物件ほど対応が後回しになりがちですが、放置期間が長いほど選択肢が狭くなる点に注意が必要です。